Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo merupakan pengembangan dari Akademi Keperawatan (AKPER) UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo yang berdiri pada tahun 1996 dengan SK. DEPKES RI No. HK 00.06.4.3.1218. Dalam perkembangannya pada tahun 2010 Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo memiliki dua program studi yaitu Program Studi D III Keperawatan dengan SK. DIKTI No. 235/D/T/K-VI/2010, dan sudah terakreditasi oleh badan akreditasi nasional perguruan tinggi (BAN PT) dengan nomor: 005/BAN-PT/Ak IX/Dpl-III/2011 dan Program Studi DIII Kebidanan dengan SK. DIKTI No. 148/D/0/2010. Kemudian pada tahun 2019 FIKES UNSIQ kembali membuka Program Studi Keperawatan Program Sarjana dan Program Studi Pendidikan Profesi Ners Program Profesi dengan SK Menristek Dikti RI No. 636/KPT/I/2019.
Sebagai Perguruan Tinggi Unggulan, Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo disamping berusaha mencetak tenaga professional dalam bidang kesehatan, juga memberikan wawasan Al Quran kepada peserta didiknya. Dalam proses pembelajaran Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo memadukan kurikulum pendidikan kesehatan professional dengan nilai-nilai ke-Islaman dan ke-Al Qur’anan.
Sejak berdiri sebagai Akademi Keperawatan, FIKES telah mengalami beberapa kali periode kepemimpinan, yaitu:
| No. | Periode | Direktur/Dekan | Keterangan |
| 1. | 1996–2000 | dr. H. Ahmad Sahudi, Sp.A. | AKPER IIQ |
| 2. | 2000–2004 | Jaelan, S.Kp., M.Kes. | AKPER UNSIQ |
| 3. | 2004–2009 | M. Fahrurrozi, S.Kep., Ns. | AKPER UNSIQ |
| 4. | 2009–2013 | dr. Noer Aliudin, Sp.THT. | FIKES |
| 5. | 2013–2017 | dr. Noer Aliudin, Sp.THT. | FIKES |
| 6. | 2017-2021 | Asmaji Muchtar, Ph.D. | FIKES |
| 7. | 2021-2025 | Ns. Ika Purnamasari, S.Kep., M.Kep. | FIKES |
| 8. | 2025-2029 | Ns. Marwiati, S.Kep., M.Kep. | FIKES |
Struktur Organisasi FIKES UNSIQ Jawa Tengah masa Jabatan 2025–2029, adalah sebagai berikut:
Dekan: Ns. Marwiati, S.Kep., M.Kep.
Wakil Dekan: Ns. M. Fahrurrozi, S.Kep., M.Kes.
Kabag TU: Siti Khotijah, S.Kom.
Kepala Laboratorium: Farihah Indriani, S.SiT., M.Kes.
Adapun kepemimpinan Program Studi di FIKES sebagai berikut:
1. Program Studi D III Keperawatan
Ketua Program Studi: Ns. Candra Dewi Rahayu, S.Kep., M.Kep.
2. Program Studi D III Kebidanan
Ketua Program Studi: Nazila Nugraheni, S.ST., M.Keb.
3. Program Studi S1 Keperawatan
Ketua Program Studi: Ns. Siti Khoiriyah, M.Kep.
Sekretaris Program Studi: Ns. Anindita Paramastuti Azuma, S.Kep., MMR.
4. Program Studi Profesi Ners
Ketua Program Studi: Ns. Ari Setyawati, M.Kep.
Sekretaris Program Studi: Ns. Fifi Alviana, S.Kep., MSN.